È possibile personalizzare FileMaker Pro Advanced in base alle esigenze individuali modificando le impostazioni standard, dette preferenze. Le preferenze influenzano il comportamento dell'applicazione e non sono specifiche per un documento. I tipi di preferenze che è possibile impostare comprendono:
•generali
•formato
•memoria
•plug-in
•host autorizzati
Per impostare le preferenze dei singoli documenti vedere Impostazione delle opzioni file.