Beim Speichern einer komprimierten Kopie einer Datei erstellt FileMaker Pro die gesamte Datenbank neu und bringt in jedem Datenblock so viele Daten wie möglich unter. Der Vorgang kopiert die logische Struktur oder Anordnung in die neue Datei und gibt nicht verwendeten Platz frei. Eine Komprimierung ist bei großen Dateien unter Umständen sehr zeitintensiv, daher sollte sie am besten außerhalb der normalen Bürozeiten durchgeführt werden.
Auf dem vorgesehenen Medium sollte mindestens so viel Speicherplatz frei sein, wie für die Größe Ihrer unkomprimierten Datei erforderlich wäre. Es ist nicht empfehlenswert, die maximale Speicherkapazität eines Speichermediums zu nutzen.